Im März 2017 trat eine Privatbank mit einer Stiftungsgründungsanfrage an die CMS heran: Eine Kundin des Private Banking wollte den Wunsch ihres verstorbenen Ehemannes erfüllen und eine Stiftung gründen, die sich im Sinne der CMS für und in der Stadt Basel engagiert.

Die Markus und Heidi Genkinger Stiftung wurde 2018 als unselbstständige Stiftung errichtet. Sie fördert Projekte in den Bereichen Soziales, Kultur und Natur. Die Mittel sollen insbesondere zur Linderung der Not und zur Förderung des Wohles der Menschen eingesetzt werden, geografisch hauptsächlich in der Region Basel. In erster Linie werden die Erträge der Stiftung verwendet. Für ausserordentliche Vorhaben kann auch das Kapital eingesetzt werden.

Die Führung der Markus und Heidi Genkinger Stiftung obliegt einem dreiköpfigen Stiftungsrat:

- Heidi Genkinger, Stifterin und Präsidentin
- Präsident:in der DS-CMS
- Direktor:in der DS-CMS

Die Amtszeit der Stifterin Heidi Genkinger ist auf unbestimmte Zeit festgelegt. Die Stifterin kann nicht abberufen werden.