Die Vergabungen aus dieser Stiftung richten sich nach den von Christoph Merian in seinem Testament vom 26. März 1857 festgelegten Bestimmungen, wobei sich der Wirkungskreis auf die trinationale Region Basel bezieht. Im Weiteren bezweckt die Stiftung die Förderung von gemeinnützigen, steuerbefreiten oder steuerbefreiungswürdigen Organisationen, Werken und Projekten in sozialen, karitativen, humanitären, kulturellen, ökologischen oder anderen gemeinnützigen Bereichen.

In erster Linie sind die Erträge der Stiftung zu verwenden. Für ausserordentliche Vorhaben kann auch das Kapital eingesetzt werden.